A lo largo de su historia el Instituto de Etnomusicología (IDE) ha desarrollado seis líneas de trabajo, a fin de cumplir con los objetivos de preservación, investigación, promoción y puesta en valor del patrimonio cultural inmaterial asociado a las diversas manifestaciones festivas y musicales de carácter tradicional y popular del Perú. Estas son:
La investigación interdisciplinaria de la música en su propio contexto sociocultural y a través del trabajo de campo etnográfico.
Preservación y rescate cultural que se realiza a través del registro y documentación del patrimonio inmaterial con el uso intensivo de medios audiovisuales.
Promoción cultural para el desarrollo a través de la acción conjunta con comunidades que aspiren a darle un valor a sus recursos culturales e identitarios, en el contexto de su lucha por el bienestar y el reconocimiento ciudadano.
Mantenimiento y desarrollo de un archivo audiovisual a través de la colección de documentos sonoros, audiovisuales e impresos, así como de objetos culturales relativos a la música.
La difusión académica y social de la investigación sobre la música y sus contextos sociales y culturales a través de publicaciones académicas, conferencias, exposiciones y los medios.
Es también interés del IDE prestar servicios en las líneas antes mencionadas a través de su biblioteca, archivo e isla de edición.